Na Strednej umelecko-priemyselnej škole v Bratislave vyštudoval odbor umelecká fotografia. V roku 1966 ukončil štúdium réžie na pražskej Filmovej fakulte Akadémie múzických umení. Po skončení štúdia nastúpil ako režisér do Štúdia krátkych filmov. V sedemdesiatych rokoch sa Jakubiskov umelecká rast načas zastavil v dôsledku politickej cenzúry, ktorá mu pripisovala interpretačnú nejednoznačnosť. Z toho dôvodu nakrúcal istý čas len krátkometrážne filmy. Bol členom Českej filmovej a televíznej akadémie. Žil a pracoval v Prahe.
Výberová filmografia:
Perinbaba (1985), Teta (1986), Pehavý Max a strašidlá (1987), Takmer ružový príbeh (1988).