Cena má za cieľ uctiť si pamiatku spisovateľa, ktorý sa významnou mierou pričinil o rozvoj modernej slovenskej prózy, podporiť autorov, ktorí v súčasnosti rozvíjajú jeho odkaz a svojím dielom sa relevantne podieľajú na úspechoch súčasnej slovenskej literatúry.
Vypisovateľom sú Mesto Šaľa, Literárne informačné centrum a Honorárny konzulát SR v Hessensku.
Cena bude vypisovaná každé dva roky (párny rok) k 31. januáru kalendárneho roka a udeľovaná spravidla 5. júna (deň úmrtia ) v Šali. Jej laureátmi sa môžu stať občania Slovenskej republiky za diela uverejnené v slovenskom jazyku.
Cena má dve kategórie:
a) Cena Jána Johanidesa za najlepšie prozaické dielo, ktoré vyšlo s vročením predchádzajúcich dvoch rokov s prihliadnutím na dovtedajšie dielo navrhnutého autora a jeho verejný ohlas;
b) Cena Jána Johanidesa za najlepšie prozaické dielo mladého autora do 35 rokov, ktoré vyšlo v rovnakom období.